Выравнивание вручную

1. Построение выравнивания двух коротких искусственных последовательностей:

В этом задании было выполнено выравнивание двух последовательностей (с помощью редактора FAR). В качестве первой последовательности мы взяли первые 60 букв из последовательности белка DPO3E_ECOLI, а в качестве второй - ее искуственно измененный вариант из педоставленного списка (каждому студенту была предложена гомологичная последовательность). Результат выравнивания приведен втекстовом документе first_aln.txt. Выравнивание прводилось таким образом, чтобы максимальное число аминокислот обладало парой и не было различных аминокислот (если таковые встречались, обе последовательности удлиннялись на 1 за счет гэпов, расставленных таким образом,что под аминокислотой,не имеющей пары находился гэп). Затем под этими последовательностями расставлялись определенные значки (звездочку *, если буквы в данной позиции совпали и минус -, если одна из последовательностей содержит гэп), затем был проведен подсчет каждого из элементов (* , -), и по формуле мы нашли значение веса выравнивания.

2. Построение выравнивания двух реальных последовательностей

С помощью редактора GeneDoc мы построилил выравнивание аминокислотных последовательностей своего белка (DPO3E_ECOLI) и одного из его гомологов (AC=Q9KPX9) из генома Vibrio cholerae (в предыдущем задании аминокислотная последовательность его была установлена и сохранена в формате FASTA). При выравнивании мы стремились к тому, чтобы число совпадений было максимально (в отличие от предыдущего задания здесь необходимо было значительно изменять верхнюю и нижнюю последовательности, для наибольшего числа совпадений). Результаты выравнивания находятся в файле second_aln.msf в формате MSF. Для того, чтотбы последовательность выглядела наглядно и удобна для просмотра мы пользовались возможностями программы GENDOC, в меню "Configure" можно поменять различные конфигурации, с помощью которых мы добились нужных параметров:
    а) длина блока - 60 символов ( в меню "Project");
    б) в начале и конце блоков указаны номера аминокислотных остатков ( в меню "Project");
    в) через каждые 5 помечены позиции выравнивания (разметка находится сверху последовательностей, в меню "Project");
    г) совпадающие остатки выделены цветом: темно-синим - буквы, красным - фон ( в меню "Shade");
    е) внизу есть консенсусная последовательность( в меню "Project").